PC104有两个版本，8位和16位，分别与PC和PC/AT相对应。PC104PLUS 则与PCI总线相对应，在PC104总线的两个版本中，8位PC104共有64个总线管脚，单列双排插针和插孔，P1：64针，P2：40针，合计104个总线信号，PC104因此得名。当8位模块和16位模块连接时，16位模块必须在8位模块得下面（见附图2）。P2 总线连结在8-位元模块中是可选的，这样让这些模块无论何处都可在堆栈中使用。
PC104PLUS 是专为PCI总线设计的，可以连接高速外接设备。PC104PLUS 在硬件上通过一个3X40即120孔插座，PC104PLUS包括了PCI规范2.1版要求的所有信号。为了向下兼容，PC104PLUS保持了PC104的所有特性。
PC104PLUS与PC104相比有以下3个特点：
1．相对PC/104连接，增加了第三个连结接口支持 PCI bus.
2．改变了组件高度的需求，增加模块的柔韧性.
3．加入了控制逻辑单元，以满足高速度 bus的需求.
关于PC104PLUS总线与PCI总线规范的不同：
1．PC104PLUS是用120针2mm孔堆栈插座连接，而32位PCI总线用124针插槽连接
2．120针的PCI不支持64位扩展，和 JTAG, PRSNT 或 CLKRUN 信号.
PC104PLUS规范包含了两种总线标准：ISA和PCI，所以向其他PC机一样，可以双总线并存。
由于PC104的管脚定义与ISA、PCI的规范完全兼容，所以公司在产品内部用 PC/104模块时，也可以应自己的需要设计生产更多的专业应用PC/104模块种类。